Il y a environ 20 000 ans, le Sahara occupait une surface comparable à celle d'aujourd'hui. Toutefois, pendant la période humide, il a reculé en laissant des poches de survie en Afrique du Nord. Au sud, un réseau hydrographique considérable s'est développé en déposant des sédiments sur d'immenses étendues, comme celle du Delta intérieur du Niger et du lac Tchad. Les nombreuses dunes mobiles ont été consolidées par la pousse de végétation naturelle. Autour de 3000 avant J.C., le climat s'est à nouveau dégradé dans la zone tropicale de l'hémisphère nord et les terres sont redevenues arides. Le Sahara s'est remis à avancer. Depuis lors, sa frange sud, l'actuel Sahel, traverse régulièrement des périodes de sécheresse.
Les écosystèmes des savanes et les formes traditionnelles d'activité économique humaine se sont adaptés à ces vagues de sécheresse périodique, qui ont entraîné des phénomènes périodiques de désertification d'une région après l'autre. La végétation et les populations humaines et animales se sont remis de ces périodes sèches qui ont généralement duré plusieurs années.